A szeptemberi havi középhőmérséklet egy fokkal haladta meg a szokásos értéket. Az ország túlnyomó részén 15°C felett alakult a havi középérték, a Dunántúl és az Alföld déli felén több helyen a 17°C-ot is meghaladta, kisebb körzetekben (pl. Szeged környéke és a főváros) még a 18°C-ot is elérte (pl. Budapest belterület: 18,7°C). Az Észak-Dunántúlon, valamint az Alföld északi részén 15–17°C között alakult a hónap középhőmérséklete. 15°C-nál hűvösebb csak a hegyvidéki, illetve fagyzugos helyeken volt 2019 szeptembere. A Kékesen lett a leghűvösebb a hónap (12,0°C).

A szeptember középhőmérséklete országos átlagban 16,81°C-nak adódott, ami 1,0°C-kal haladta meg az 1981–2010-es átlagot. Ezzel az idei lett 1901 óta a 30. legmelegebb szeptember. Magyarország majdnem egész területén az átlagnál melegebb volt a hónap, csupán néhány kisebb körzetben (pl. Ipoly völgye) volt kevéssel normálérték alatti a szeptember. Elsősorban a hegyvidéki területeken 1,5°C feletti pozitív anomália is előfordult.

A szeptember még nyári kánikulával kezdődött, 1-jén országszerte 30°C feletti hőmérséklettel. Szeptember 1-jén 24,0°C volt az országos napi középhőmérséklet, ami a hónap legmagasabb értéke. 2-án északnyugat felől egy hidegfront vetett véget a hőségnek, előbb a Dunántúlon, másnapra a keleti tájakon is. A levegő a normálérték köré hűlt le. Az ezt követő napokban előbb egy hidegfront, majd hullámzó frontrendszer és mediterrán ciklon előoldalán helyezkedett el Magyarország, és a szokásosnál kissé magasabban alakult a hőmérséklet. 10-ére a ciklon hátoldalára került a Kárpát-medence, és ezzel együtt kevéssel az átlag alá hűlt le a levegő. 11-étől nyugat felől egy anticiklon húzódott fölénk, ismét országszerte 25°C fölötti hőmérsékletek voltak a kora délutáni órákban. 14-én a medence északkeleti részét súrolta egy hidegfront, hazánk északkeleti tájain néhány fokkal visszaesett a hőmérséklet, majd 16-án a korábbi napokhoz képest több fokkal melegebb volt, a déli, délnyugati országrészben a legmagasabb hőmérséklet többfelé elérte a 30°C-ot is. 17-én egy markáns hidegfront érte el az országot, 18-án a déli országrészben is lezárva a nyárias időjárást. A szeptember 19–22-ei időszakban egyes fagyzugos helyeken 2 m-es magasságban is fagyott, talajmenti fagy pedig sokfelé előfordult az országban. Szeptember 20. környékén az országos átlaghőmérséklet mintegy 4-6°C-kal maradt el az 1981–2010-es átlagtól. Országosan 20-dika lett a hónap leghidegebb napja, 10,4°C-os középhőmérséklettel. 23-ától elsősorban a minimum-hőmérsékletek emelkedtek meg számottevően amiatt, hogy a gyakori frontátvonulások miatt általában erősen felhős volt az égbolt, megakadályozva ezzel az erőteljesebb éjszakai lehűlést. A legmagasabb hőmérséklet is emelkedett ugyanakkor napról-napra egy-egy fokkal és a hónap legvégén, amikor már inkább anticiklonális hatások érvényesültek, helyenként a legmagasabb hőmérséklet ismét elérte a 25°C-ot. Így a hónap vége a szokásosnál több fokkal melegebb időjárással múlt el.

A nyári napok (tmax≥25°C) száma országos átlagban 10-nek adódott, ami 2-vel több az 1981–2010-es átlagnál. A Dunántúl nyugati felében jellemzően 5–8, a Duna vonalában 10–12 napon, míg délkeleten a hónap felében volt nyári nap.
Hőségnap (tmax≥30°C) országos átlagban 2 volt (1981–2010 átlag: 1). Síkvidéken mindenhol előfordult legalább 1 napon 30°C-ot meghaladó hőmérséklet.
Az ország nagy részén fagymentesen alakult a szeptember, a fagyzugos helyeken azonban 2–4 napon is előfordult fagy a hónap folyamán.